船舶運送業未依第五條、第八條第一項、第十條第一項或第十二條規定辦 理者，交通部得令其改正或停止其營業之一部，情節重大者，得廢止其直 航許可。

船舶運送業經營之運送客貨船舶，航經第十條第二項公告之航路或航道入 出大陸地區直航港口，未依第八條第二項辦理、第十條第二項公告之航路 或航道航行者，交通部應立即令其改正，情節重大者，應立即廢止其許可 ，並得自廢止之日起三年內不受理其申請許可。

大陸船舶未經許可進入臺灣地區限制或禁止水域，並依據臺灣地區與大陸 地區人民關係條例第三十二條及第八十條之一規定處置。