辦理補貼審查之任務如下：

一、申請路 (航) 線別補貼計畫之審查。

二、申請路 (航) 線別每車公里、每航次浬合理營運成本之審查。

三、資本設備投資合理成本之審查。

四、申請路 (航) 線別補貼優先順序、分配比率、監督考核事項之審查。

五、原核定路 (航) 線別補貼計畫修訂之審查。

六、補貼與營運評鑑結果運用方式之審查。

七、合理營運成本及合理資本設備投資成本權重值之審查。

八、其他與補貼相關事宜之審查。