依本法辦理之地上權登記，除其他法令另有規定者外，依下列規定辦理：

一、協議設定地上權者，應由民間機構檢具相關文件向管轄土地登記機關 辦理地上權設定登記或辦理他項權利內容變更或塗銷登記。

二、依本法徵收取得之地上權，直轄市或縣 (市) 政府應於補償完竣後三 十日內囑託管轄土地登記機關辦理地上權登記。已登記之他項權利與 地上權登記空間範圍重疊者，直轄市或縣 (市) 政府應一併囑託管轄 土地登記機關辦理他項權利內容變更或塗銷登記。

三、穿越土地之上空者，於附表一補償率對應之級距自低限為起點以上部 分全部登記地上權；穿越土地之地下者，以附表二補償率對應之級距 自淺限為起點以下部分全部登記地上權。