本基金之管理機關為本部，下設各基金之管理機關如下：

一、民航事業作業基金：本部民用航空局。

二、國道公路建設管理基金：本部臺灣區國道高速公路局。

三、高速鐵路相關建設基金：本部高速鐵路工程局。

四、觀光發展基金：本部觀光局。

本基金下設各基金之管理機關應建立責任中心制度，以確保收入及控制成 本，發揮財務管理功能，並使具自償性交通建設達成財務計畫設定之自償 比例。