運務及安全衛生科掌理事項如下：

一、場站及行車旅運設施新建或改建協調。

二、施工期間鐵路行車及公路交通維持之協調。

三、軌道切換計畫之研擬及執行。

四、鐵道系統營運前各階段檢查作業及營運監督管理。

五、職業安全衛生管理及教育訓練。

六、工程災害防救及緊急應變。

七、計畫之環境影響評估、變更與承諾事項督導及水土保持管理。

八、其他有關運務及安全衛生事項。