工程科掌理事項如下：

一、工程採購案件。

二、公路整建工程施工之審核、管制及考核。

三、公路整建工程品質稽查計劃之擬定、執行、檢驗及移交。

四、工程計畫年度預算之執行及管控。

五、建築工程施工之審核、管制及考核。

六、工程相關教育訓練作業。

七、工程爭議調解、仲裁或訴訟業務。

八、其他有關工程及品質管理事項。