船舶組掌理事項如下：

一、船舶相關法規制（訂）定、修正或廢止之研議及擬訂，船舶國際公約 之認可及施行之擬議審核。

二、船舶之建（購）造、改造、修理、抵押、出售及拆解等事項之核議。

三、船舶（含小船）檢查、丈量、載重線或吃水尺度勘劃事項之業務督導 。

四、船舶登記及小船註冊業務之督導。

五、船舶安全管理與查核、保全事項及保全等級之發布。

六、驗船機構之監督與管理及驗船師執業證書之核發、換發、補發。

七、船舶技術人員訓練、船舶技術規範、檢查技術標準之研訂及核議。

八、非中華民國國籍船舶申請進入非國際港灣口岸之特許。

九、水運動員準備相關事項之擬訂及執行。

十、其他有關船舶事務之處理。