本局設下列組、室、中心：

一、企劃組，分三科辦事。

二、航務組，分三科辦事。

三、船舶組，分三科辦事。

四、港務組，分四科辦事。

五、船員組，分三科辦事。

六、航安組，分四科辦事。

七、秘書室，分四科辦事。

八、人事室。

九、政風室。

十、主計室，分二科辦事。

十一、資訊室。

十二、北部航務中心，分六科辦事。

十三、中部航務中心，分四科辦事。

十四、南部航務中心，分六科辦事。

十五、東部航務中心，分三科辦事。