系統機電課掌理事項如下：

一、電聯車、行包處理、機廠維修設備及維修管理系統工程、駐廠檢測、 工程變更處理、廠商協調、施工及技術支援之現場監督。

二、電力、號誌、月台門、通訊、中央監控、自動收費工程、駐廠檢測、 工程變更處理、廠商協調之現場監督。

三、監造顧問執行監造之監督。

四、與其他介面工程介面整合之配合處理。

五、其他有關系統機電事項。