本局設港務組、航政組、業務組、工務組、秘書室、人事室、會計室、政 風室。

港務組設港灣、航管、勞安環保三科，分別掌理下列事項：

一、商港範圍檢討修正之處理事項。

二、港區安全管理、災害防救及事故之處理事項。

三、聯絡中心業務處理事項。

四、商港法與港務管理規則等法規擬議修訂事項。

五、船舶日用品供應業、船舶理貨業、船舶小修業管理事項。

六、定期舉辦港埠座談會及港口業務協調會報之處理事項。

七、港灣設施改進與港務管理事項。

八、港埠資料、航船布告、國軍實彈射擊事件之處理事項。

九、船席之指 (移) 泊、調配、協調管理事項。

十、船舶進出港口及港內航行交通管理事項。

十一、導航設備維護管理事項。

十二、港勤船舶作業管理事項。

十三、船舶給水作業維護管理事項。

十四、勞工安全衛生業務之宣導及重大事件處理事項。

十五、勞工安全衛生工作守則之釐定及執行事項。

十六、勞工安全衛生資料管理、提供及建議事項。

十七、職業災害防止計畫釐定及實施事項。

十八、職業災害調查處理及職業災害統計填報事項。

十九、勞工健康檢查規劃及健康管理實施事項。

二十、商港區域內環境保護、環境清潔及衛生管理事項。

二十一、商港區域內危險物品管理事項。

二十二、商港區域內年度環境清潔督導檢查、防治公害及美化環境執行方 案績效考核事項。

二十三、商港區域內環境影響評估與監測事項。

二十四、商港區域內污染防治、稽查、取締、告發、移送、處分事項。

二十五、商港區域內重大污染事件緊急應變通報及處理事項。

二十六、商港區域內生態保育及植栽綠化工作事項。

二十七、船舶污油水收受處理事項。

二十八、其他交辦事項。

航管科下設信號台。

航政組設技術、監理二科，分別掌理下列事項：

一、船舶進出港簽證事項。

二、船舶登記及註冊事項。

三、船舶運文業及出租業監理事項。

四、船務代理業監理事項。

五、載客船舶適航性抽查事項。

六、船員、引水人及動力小船駕駛人監理事項。

七、海運承攬運送業監理事項。

八、貨櫃集散站經營業監理事項。

九、船舶檢查丈量及建造、改造船圖審核事項。

十、解體船審核事項。

十一、船舶海事案件調查及海事評議事項。

十二、船舶航海及輪機記事簿核閱簽證事項。

十三、打撈業管理事項。

十四、兩岸航運運輸監理事項。

十五、其他交辦事項。

業務組設企劃、營運二科，分別掌理下列事項：

一、商港設施經營管理事項。

二、船舶貨物裝卸承攬業經營許可事項。

三、港埠業務費項目及費率擬訂計收事項。

四、商港服務費收取事項。

五、有關商港營運發展企劃事項。

六、客戶服務事項。

七、商港法及商港棧埠管理規則等法規擬議修訂事項。

八、其他交辦事項。

工務組設設計、工事、機料三科，分別掌理下列事項：

一、港區整體規劃計畫之擬訂事項。

二、年度工務概算之審核、編製事項。

三、各項重大及新建工程變更、修正之查勘、擬議、處理、設計、繪圖、 審查、驗收事項。

四、施工預算之擬訂、審核及登記、保管事項。

五、工程圖當之建立與管理事項。

六、港工作業許可證之核發事項。

七、商港設施損害報告之彙報及資料管理事項。

八、工程技術諮詢事項。

九、工程、港區環境、技術服務、資訊服務及新購船舶之招標、訂約、施 工督導及考核、契約執行、驗收派驗、結算驗收證明書簽發、決算及 廠商爭議處理事項。

十、機具、資訊、通訊及港灣設備與工程材料之採購、收發、儲運及分類 編號事項。

十一、其他交辦事項。

秘書室設四科，分別掌理下列事項：

一、施政計畫編報及追蹤管制事項。

二、年度工作考成考績事項。

三、研究發展事項及因公出國報告存管及運用事項。

四、業務簡報宣導管理及年終業務檢討之綜理事項。

五、人民陳情案件、監察案件及上級交付列管案件之列管追蹤事項。

六、公文檢核稽催查詢管理事項。

七、行政革新事項之推動管考及為民服務事項。

八、新開發佈及新聞媒體聯繫事項。

九、國會聯繫暨質詢案件之處理事項。

十、參觀接待事項。

十一、港埠資料拍攝保存、多媒體及簡介製作事項。

十二、慶典活動、敦親睦鄰等公共關係事項。

十三、印信典守、檔案管理、文書處理、文書保密等事項。

十四、財產、房地產管理及保險等事項。

十五、眷舍、宿舍、辦公廳舍營繕、維護使用管理事項。

十六、財物、事物用品採購、水電、環境衛生管理及消防設施維護事項。

十七、工友、駕駛人員管理、考核、行政車輛調派、保養、修護、汰換及 檢驗等事項。

十八、動員業務事項。

十九、收付款業務、有價證券保管、出納帳冊表報處理、所得稅作業、銀 行帳戶開立及印鑑更換等事項。

二十、不屬於其他各組、室掌理事項。

二十一、其他交辦事項。

人事室掌理下列事項：

一、機關組織編制事項。

二、機關人力規劃及評鑑事項。

三、任免、銓敘、俸給及遷調事項。

四、分層負責及權責劃分事項。

五、退休、離職、資遣及撫卹事項。

六、平時考核、獎懲及考成 (績) 事項。

七、表揚褒獎及申訴事項。

八、差假勤惰管理事項。

九、訓練、進修、講習出國及考察事項。

十、保襝、待遇、福利、互助及各項補助費事項。

十一、員工體育康樂活動及慶典集會事項。

十二、勞資關係、工作規則等事項。

十三、人事資料管理事項。

十四、其他交辦事項。

會計室設三科，掌理下列事項：

一、年度預算編製事項。

二、預算分配及執行事項。

三、收支審核及記帳憑證編製事項。

四、採購乃出租業務監辦事項。

五、補助款申撥、保留事項。

六、會計報告編製及辦理上級暨審計機關查核事項。

七、記帳憑證、會計簿籍及會計檔案管理事項。

八、年度決算編製事項。

九、現金管理及預算執行查核事項。

十、公務統計、應用統計分析及統計刊物編製事項。

十一、主計機構組織、主計人員之任免、遷調、考成 (績) 、考核、獎懲 及訓練管理事項。

十二、資訊業務發展計畫研擬修訂事項。

十三、電腦系統管理及應用作業系統開發、設計、建置、執行及維護事項 。

十四、資訊設備規劃、網路連線規劃、建置及預算擬編事項。

十五、電腦設備請購經管、調配、個人電腦及相關耗材維護經管事項。

十六、資訊安全之規劃、稽核及執行事項。

十七、主機及伺服務器系統軟體、硬體之規劃建置及維護事項。

十八、網頁之開發建置及維護事項。

十九、資訊業務委外及資訊訓練事項。

二十、其他交辦事項。

政風室掌理下列事項：

一、政風法令之擬 (修) 訂及宣導事項。

二、政風興革建議事項。

三、政風考核獎懲建議事項。

四、公務機密維護事項。

五、危害及破壞事項之預防及陳情請願之協助處理事項。

六、公職人員財產申報及審查事項。

七、政風督導小組規劃執行事項。

八、政風機構組織、政風人員之任免遷調、考成 (績) 、考核、獎懲及訓 練等管理事項。

九、政風工作年度計畫之策劃、擬訂、預算編製及推動執行等事項。

十、員工貪瀆不法之預防、發掘及處理檢舉事項。

十一、其他交辦事項。