業務課掌理下列事項： 一、商港設施經營管理事項。 二、船舶貨物裝卸承攬業、拖駁船業經營許可事項。 三、港埠業務費計收事項。 四、商港服務費收取事項。 五、有關商港營運發展企劃事項。 六、棧埠設施維護管理事項。 七、旅客服務事項。 八、棧埠業務調派申請事項。 九、客戶服務事項。 十、資訊設備管理維護事項。 十一、法制業務事項。 十二、其他交辦事項。