秘書室分設四科，各科掌理事項如下：

一、第一科： (一) 年度施政計畫、列管計畫、年終業務檢討等業務之彙辦事項。 (二) 分層負責及權責劃分事項。 (三) 公文稽催、研究發展及工程進度等管制考核事項。 (四) 公共關係業務及來賓參觀、接待事項。 (五) 圖書資料及新聞資料之整理與保管事項。 (六) 新聞發布、協調及聯繫事項。 (七) 年報、局務簡報之製作及圖片資料之協調提供事項。 (八) 其他交辦事項。

二、第二科： (一) 印信典守事項。 (二) 公文總收發事項。 (三) 公文之繕印及校對事項。 (四) 檔案管理事項。 (五) 會報紀錄事項。 (六) 其他交辦事項。

三、第三科； (一) 公務用動產之機械及設備、交通及運輸設備、什項設備與各項事務 性物品之購置與管理事項。 (二) 辦公廳舍、公務宿舍及其附屬設施之修繕、維護與管理事項。 (三) 司機、技工、工友及駐衛警之管理事項。 (四) 公務車輛之管理、租賃、維修及油料管理事項。 (五) 民防及福利業務之協辦事項。 (六) 環境衛生之維護事項。 (七) 各種集會場所之佈置、攝影及管理事項。 (八) 中央公教住宅配售、貸款之辦理事項。 (九) 勞保業務之辦理事項。 (十) 其他交辦事項。

四、第四科： (一) 現金及銀行存款之收支、帳務登記、銀行往來帳之核對與報表之填 報事項。 (二) 有價證券、押標金、保證金之收付及庫存之保管事項。 (三) 銀行結匯、匯出匯款、公勞健保費、約聘人員離職儲金、房屋貸款 、退撫基金、公教存款以及急難貸款繳納事項。 (四) 員工薪餉、年終獎金、考績獎金之單冊編造及發放事項。 (五) 薪資及各類所得稅扣繳憑單之填發事項。 (六) 其他交辦事項。