飛航業務室職掌如下：

一、飛航情報、飛航管制、航空氣象及航空通訊業務之規劃、建議、審核 及研究發展事項。

二、本區空域運用之規劃及建議事項。

三、飛航管制案件之調查、研判與處理事項。

四、飛航情報、飛航管制、航空氣象及航空通信人員之訓練規劃、檢定及 各類業務督導、考核事項。

五、軍事演習、炮火射擊等空域申請之審核處理事項。

六、作業單位人力需求之規劃及建議事項。

七、飛航業務資料之統計、分析及提供事項。

八、其他交辦事項。