航政局第二科之職掌如左：

一、關於船舶之檢驗及丈量事項。

二、關於載線標識事項。

三、關於船舶之登記及發給牌照事項。

四、關於船員及引水人之考核、監督事項。

五、關於造船事項。

六、關於船舶出入查驗證之核發事項。

七、關於航路之疏濬事項。

八、關於航路標識之監督事項。

前項第一款至第六款事項，以適用海商法規定之船舶為限。