管理機構應經常檢驗其轄區域內之灌溉用水水質，並予紀錄。

前項水質標準由中央主管機關訂定公告之。

灌排系統及灌區集水區域內未經管理機構之同意，不得擅自排放廢污水。

灌溉系統及集水區域內放流水流入口之設置、變更使用或展限，應由使用 人填具申請書，檢附下列文件向管理機構申請同意後辦理，並由管理機構 報請主管機關備查：

一、放流水量、水質分析資料。

二、流入口位置圖及設計圖。

前項申請書格式由主管機關另定之。

流入及介入之水體應先經適當處理，不符灌溉用水水質標準時主管機關應 限制或禁止之。

流入灌排系統及灌區集水區域內之放流水，管理機構應經常派員採樣檢驗 ，不符灌溉用水水質標準，足以危害農耕或損害他人利益者，應通知排放 人限期改善，未依限改善者，應報請地方主管機關依水利法、水污染防治 法及其他有關法規處理。

流入口使用期限內，有下列情事之一者，管理機構應撤銷或限制使用：

一、工程設施與核定內容不符者。

二、工程設施影響安全或有損害他人利益之虞者。

三、未繳清建造物使用費者。

四、未經同意擅行變更使用者。

管理機構應建立下列資料：

一、灌溉系統水質調查資料。

二、灌溉系統水污染處理資料。

三、灌溉系統建造物使用有關圖面。