區內事業違反第十八條第一項但書規定，不具備帳冊或為虛偽不實之記載 或拒絕管理處或分處及海關之稽核者，除命其限期改正外，處新臺幣三萬 元以上十五萬元以下罰鍰；屆期未改正者，得按次處罰，至其改正為止； 情節重大者，並得停止其一個月以上一年以下貨品之輸出入。

區內事業違反依第十五條第三項所定辦法中有關保稅貨品之通關、加工、 管理、自行點驗進出區、按月彙報、產品內銷應辦補稅程序規定，海關得 予以警告並限期改正；屆期未改正者，處新臺幣六千元以上三萬元以下罰 鍰，並得按次處罰；處罰三次，仍未完成改正者，得停止六個月以下保稅 業務之一部或全部。