養護課職掌如下：

一、水庫水質污染管制計畫訂定研提事項。

二、水庫集水區水質水源保育計畫訂定研提事項。

三、水庫集水區經營管理與治理計畫之規劃審查及處理事項。

四、集水區水土保持之宣導成果統計及一般案件處理事項。

五、本課主管業務有關研究發展委託研究計畫之研提事項。

六、水庫操作運用與維護管理要點之訂定修正及公告事項。

七、天然災害調查資料通報與會辦及緊急應變小組作業處理事項。

八、水庫安全評估與緊急應變措施計畫研提事項。

九、水庫安全檢查資料及設施安全維護改善之審查事項。

十、其他臨時交辦事項。