本局局長綜理局務，副局長襄理局務，並設下列各課室、管理中心：

一、水文課。

二、設計課。

三、工務課。

四、品管課。

五、經管課。

六、養護課。

七、資產課。

八、曾文水庫管理中心。

九、阿公店水庫管理中心。

十、牡丹水庫管理中心。

十一、甲仙攔河堰管理中心。

十二、高屏溪攔河堰管理中心。

十三、秘書室。

十四、人事室。

十五、會計室。

十六、政風室。