水資源規劃課職掌如下：

一、全國水資源調查及規劃事項。

二、全國各河川、水路及水文系統分析事項。

三、水資源開發計畫之調查、規劃及研究工作。

四、水資源規劃技術之策劃、研究及改進事項。

五、水資源統籌調配規劃及研究工作。

六、各標的用水基本資料統計工作。

七、水庫集水區保育治理規劃及研究工作。

八、旱災防救方案之規劃及研究工作。

九、水源水質檢驗分析研究工作。

十、其他臨時交辦事項。