會計室職掌如下：

一、本所預 (概) 算之籌編、報核及分配事項。

二、預算執行之控制、審核及財務之稽核。

三、採購案件之監辦。

四、經費流用與歲入、歲出保留案件之彙編及報核事項。

五、辦理年度決算。

六、會計簿籍之登記與會計憑證之編製、保管暨各項會計報告之編製及公 告事項。

七、現金、票據、有價證券及其他財物之查核事項。

八、推動公務統計及制訂水利業務統計制度。

九、辦理職務上應用統計分析及專 (個) 案統計調查之舉辦。

十、統計資料之管理、提供、發布及統計書刊之編印。

十一、辦理會計人員之人事管理事項。

十二、其他有關歲計、會計及統計事項。