水質課職掌如下：

一、環境改善維護事項。

二、河川水量之觀測分析事項。

三、水質污染防治計畫之擬訂及執行。

四、水質監視網之規劃與設立及水質檢驗分析。

五、違反水污染防治法、廢棄物清理法、自來水法、水利法、下水道法、 飲用水管理條例、臺北水源特定區土地使用管制要點並有礙水源水質 水量保護行為之查報取締及處理。

六、下水道計畫之擬訂與執行及系統設施操作維護。

七、納入公共下水道接管申請案件之設計圖說審查、竣工查驗及專用下水 道之納管總量管制。

八、公共下水道之緊急應變處理事項。

九、其他臨時交辦事項。