本局局長綜理局務，副局長襄助局長處理局務，秘書綜理文稿及協助局長 處理水利行政業務，並設下列各課、室：

一、企劃課。

二、水質課。

三、保育課。

四、管理課。

五、建管課。

六、秘書室。

七、人事室。

八、會計室。

九、政風室。