水利行政組職掌如下：

一、水利法、溫泉法、自來水法及其相關法規命令、行政規則之審訂及公 （發）布相關法制作業事宜。

二、水利相關訴願、國家賠償、契約與業務行政涉及法令相關案件之協助 及彙辦。

三、水權管理制度、規範與計畫之擬訂、推動及督導。

四、鑿井業務管理。

五、水利建造物建造、改造及拆除之辦理。

六、海堤與排水管理制度、規範與計畫之擬訂、推動及督導。

七、河川管理制度、規範與計畫之擬訂、推動及督導。

八、河川、排水與海堤除休閒場地以外空間，使用管理之推廣及督導。