經管課職掌如下：

一、各標的用水分配、調度、仲裁及移用補償事項。

二、水資源營運合約訂定及經費核收業務。

三、水權登記及管理業務。

四、亢旱因應及停灌休耕補償事項。

五、水資源聯合運用方案研究及資料管理事項。

六、用水計畫書審查之相關事項。

七、溫泉水權登記及管理業務。

八、違規取水查處事項。

九、堰壩蓄水範圍初審及會勘業務。

十、其他臨時交辦事項。