本局局長綜理局務，副局長襄理局務，並設下列各課、室、水庫管理中心 ：

一、計畫課。

二、品管課。

三、工務課。

四、保育課。

五、養護課。

六、經管課。

七、資產課。

八、石門水庫管理中心。

九、寶山第二水庫管理中心。

十、秘書室。

十一、人事室。

十二、會計室。

十三、政風室。