會計室職掌如下：

一、非營業基金及本機關預（概）算之籌編、報核及分配事項。

二、預算執行之控制、審核及財務之稽核，採購案件之監辦。

三、經費流用與歲入、歲出保留案件之彙編及報核事項。

四、會計簿籍之登記及會計憑證之編製、保管，及各項會計報告之編製與 公告事項。

五、辦理年度決算。

六、現金、票據、有價證券及其他財物之查核事項。

七、推動公務統計及制定水利業務統計制度。

八、辦理職務上應用統計分析及專（個）案統計調查。

九、統計資料之管理、提供、發布及統計書刊之編印。

十、辦理主計人員之人事管理事項。

十一、其他有關歲計、會計及統計事項。