第三課置課長一人，其掌理事項如下：

一、農、畜、水產品及其加工調製食品檢驗業務之推行及管理事項。

二、國內產銷及輸出與輸入農、畜、水產品及其加工調製食品檢驗及技術 服務事項。

三、農、畜、水產品及其加工調製食品委託試驗及特約檢驗執行事項。

四、配合總局執行農、畜、水產品及其加工調製食品檢驗、品保、環管及 產品驗證作業相關事項。

五、本課主管業務之檢驗法規、作業程序、標準、訓練及方法之研究改進 、蒐集與建議事項。

六、本課正字標記業務事項之執行及相關業務諮詢服務。

七、農、畜、水產品及其加工調製食品不合格之處理事項。

八、農、畜、水產品及其加工調製食品檢驗及品質管制廠商諮詢答復事項 。

九、檢驗 (試驗) 儀器、藥品、器材之籌劃與管理維護等事項。

十、農、畜、水產品及其加工調製食品檢 (試) 驗資料之搜集、整理、統 計、分析事項。

十一、本課主管之工作計畫、報告、表報、文稿之撰擬、收發登記事項。

十二、其他臨時交辦事項。