本處設下列科、室、站：

一、國內安全調查及諮詢科。

二、國家安全維護及保防科。

三、經濟犯罪防制科。

四、肅貪科。

五、資通安全科。

六、人事室。

七、會計室。

八、各調查站。

九、各工作站。