保護區有下列情形之一者，主管機關得提請審議會審議後，公告變更其範 圍：

一、保護區因情事變更而改變。

二、為重大公共利益之所需。

保護區有下列情形之一者，主管機關得提請審議會審議後，公告廢止：

一、保護區內之水下文化資產悉已發掘出水或因其他原因而不復存在。

二、水下文化資產滅失、減損其價值無從恢復。

三、其他已無劃設保護區必要之情形。

保護區之變更程序及範圍，由主管機關依劃設程序辦理，準用第五條至第 九條之規定。

保護區之廢止程序，有第十一條第二項第一款之事由者，免再公開展覽及 舉行公聽會或說明會，準用第八條及第九條第一項之規定；有第十一條第 二項第二款、第三款之事由者，由主管機關依劃設程序辦理，準用第五條 至第九條之規定。