本館設下列組、室、中心：

一、綜合規劃組。

二、展示教育組。

三、典藏研究及檔案中心。

四、人事室。

五、主計室。

六、白色恐怖綠島紀念園區管理中心。

七、白色恐怖景美紀念園區管理中心。