本館設下列組、室、中心：

一、生物學組。

二、地質學組。

三、人類學組。

四、科學教育組，分二科辦事。

五、展示組，分二科辦事。

六、營運典藏與資訊組，分四科辦事。

七、秘書室，分三科辦事。

八、人事室。

九、政風室。

十、主計室。

十一、自然科學教育園區管理中心，分三科辦事。