本署設下列組、室：

一、高中及高職教育組，分三科辦事。

二、國中小及學前教育組，分三科辦事。

三、原住民族與少數族群及特殊教育組，分三科辦事。

四、學生事務及校園安全組，分三科辦事。

五、秘書室，分三科辦事。

六、人事室，分二科辦事。

七、政風室。

八、主計室，分二科辦事。