本部之次級機關及其業務如下：

一、新竹科學工業園區管理局：執行科學工業園區設置管理條例所定事項 。

二、中部科學工業園區管理局：執行科學工業園區設置管理條例所定事項 。

三、南部科學工業園區管理局：執行科學工業園區設置管理條例所定事項 。