自由港區事業應辦理之自主管理事項如下：

一、自國外進儲貨物之通報。

二、貨物輸往國外之通報。

三、貨物輸往其他自由港區之通報。

四、貨物輸往課稅區、保稅區之通關。

五、自課稅區、保稅區進儲貨物之通關。

六、區內交易貨物之通報。

七、修理、測試、檢驗、加工、展覽、委託及受委託修理、測試、檢驗、 加工之處理。

八、進儲本條例第十五條第一項規定物（貨）品之通報。

九、本條例第十六條第一項規定物（貨）品輸往國外之通報。

十、貨物及自用機器設備之帳務處理。

十一、按月彙報貨物之入出區（廠）管理。

十二、盤點及盤存清冊、結算報告表之造送。

十三、廢品、下腳及其有利用價值部分之處理。

十四、物（貨）品遭竊、遭受災損時之處理。

十五、門禁之管控。

十六、製造、物流、倉儲及廠（場）區作業之管理。

十七、封條加封及核銷作業。

十八、短卸、溢卸、短裝、溢裝報告之填報。

十九、加工、重整、包裝、加註或更正標記、箱號作業。

二十、看樣、取樣及公證作業。

二十一、空貨櫃進出之檢查。

二十二、貨物通關、帳務處理及貨物控管之電腦資料儲存作業。

二十三、違規、違章、異常案件之報告。

二十四、其他經自由港區管理機關或海關規定應遵行事項。