依本條例第十八條第三項規定，港區貨棧應辦理貨物控管事項如下：

一、卸存港區貨棧之國外貨物，港區貨棧核對進口艙單，點收貨物並確定 儲位後，向海關傳輸進倉資料訊息。

二、課稅區、保稅工廠、保稅倉庫、物流中心貨物運入港區，港區貨棧點 收貨物並確定儲位後，傳輸出口貨物進倉證明訊息，並接收海關放行 通知訊息，俾自由港區事業提領貨物。

三、加工出口區、科學工業園區、農業科技園區、其他自由港區貨物運入 自由港區貨棧，港區貨棧憑海關放行通知訊息點收貨物，並供自由港 區事業提領貨物。

四、自由港區事業出口貨物進儲港區貨棧後，港區貨棧傳輸出口貨物進倉 證明訊息至海關，並接收海關放行通知訊息，憑以進行後續裝併櫃（ 盤）及裝船（機）作業；需運出區出口者，另簽發運送單加封出區。

五、自由港區事業運往其他自由港區貨物，港區貨棧於點收貨物進儲後， 傳輸進倉資料訊息至海關，並接收海關放行通知訊息，憑以簽發運送 單出區；其有加封必要者依海關規定辦理。

六、自由港區事業運往課稅區、保稅區貨物，港區貨棧於點收貨物進儲後 ，傳輸進倉資料訊息至海關，並接收海關放行通知訊息，憑以簽發運 送單出區；其有加封必要者依海關規定辦理。

七、自由港區事業經核准按月彙報之貨物，得不進儲港區貨棧。