保稅倉庫之自主管理事項包括下列各項：

一、巡視倉庫。

二、啟閉倉庫門鎖。

三、點驗貨物進倉。

四、查報短溢卸貨物。

五、短溢裝、破損貨物之填報。

六、監視加註或更正貨物標記、箱號。

七、看樣、取樣及公證之監視。

八、監視保稅貨物辦理重整。

九、查對、登記扣存或沒入貨物。

十、查對與登記逾期貨物或聲明放棄貨物。

十一、已列入拍賣清單貨物之查對。

十二、保稅貨物出倉。

十三、使用海關封條（含電子封條）加封、核銷作業。

十四、出倉進口食品加貼中文標示作業。

十五、保稅貨物銷毀、破壞作業。

十六、登載存貨簿冊及按月印製替代存貨簿冊之報表。

十七、各種有關報表文件之編製、核對簽證、造送、登記、整理、歸檔及 保管等工作。

十八、報告違章異常案件。

十九、倉庫地腳品完稅提領出倉。

二十、其他經海關核發准單所指示及依關務法規有關規定應辦理事項。