本分署設下列各科、室及辦事處：

一、接管科，分二股辦事。

二、勘估科，分二股辦事。

三、處分科，分二股辦事。

四、管理科，分二股辦事。

五、租賃科，分二股辦事。

六、改良利用科，分二股辦事。

七、秘書室。

八、人事室。

九、政風室。

十、主計室。

十一、臺南辦事處，分三股辦事。

十二、嘉義辦事處，分三股辦事。

十三、屏東辦事處，分三股辦事。

十四、臺東辦事處，分三股辦事。

十五、澎湖辦事處，分二股辦事。