本關設下列組、室、分關：

一、業務一組，分三課七股辦事。

二、業務二組，分四課十五股辦事。

三、稽查組，分三課八股三艇辦事。

四、儀檢組，分三課九股辦事。

五、機動稽核組，分二課三股辦事。

六、法務緝案組，分三課二股辦事。

七、秘書室，分六股辦事。

八、人事室，分三股辦事。

九、政風室，分二股辦事。

十、主計室，分三股辦事。

十一、資訊室，分三股辦事。

十二、小港分關，分六課十八股辦事。

十三、旗津分關，分三課十股辦事。

十四、高雄機場分關，分四課十七股辦事。

十五、嘉南分關，分五課十三股辦事。