機動儀檢組掌理事項如下：

一、進口、出口、轉運、轉口貨櫃（物）之抽核、複驗及儀器檢查。

二、入出境旅客、航（船）員行李、郵遞貨物之抽核及複驗。

三、情資蒐集、分析及市面查緝。

四、貨棧、貨櫃集散站、私貨倉庫、免稅商店及保稅相關處所貨物之抽核 。

五、電子封條監控系統之管理及維護。

六、貨櫃檢查儀、輻射偵測儀等查緝設備之管理及維護。

七、輻射證照人員、儀器操作人員之訓練及管理。

八、事後稽核案件之處理。

九、緝毒犬隊執勤（搜索、偵測）及管理。

十、其他有關機動查緝及儀檢事項。