機動稽核組掌理事項如下：

一、進口、出口、轉運、轉口貨物（櫃）與郵遞貨物之抽驗及複驗。

二、入出境旅客及航員之行李抽檢。

三、本關正常辦公時間外走私密報案件之受理及密報、查緝案件、緊急事 件之處理。

四、旅客情資管理、情資蒐集分析及市面查緝。

五、緝毒犬隊執勤（搜索、偵測）及管理。

六、私貨倉庫及保稅相關處所貨物之抽核。

七、進口報單放行後之抽審及複審與事後稽核案件之處理。

八、違章及行政救濟案件之處理。

九、其他有關機動查緝及稽核事項。