稽查組掌理事項如下：

一、進口、出口、轉運及轉口貨櫃（物）之抽核及儀器檢查。

二、入出境運輸工具之通關及管理。

三、入出境旅客、船員行李之檢查及通關。

四、緝毒犬隊執勤（搜索、偵測）及管理。

五、轄區內水域、碼頭之巡緝及倉庫之監管。

六、押運業務。

七、緝私船舶、車輛及貨櫃檢查儀等查緝設備之管理及維護。

八、違章及行政救濟案件之處理。

九、其他有關稽查事項。