業務二組掌理事項如下：

一、出口貨物通關。

二、出口報單審核、副本核發及報單管理。

三、出口貨物退關、註銷及轉船之處理。

四、報關、倉儲、免稅商店、離島免稅購物商店、保稅運貨工具等業者之 設立登記及管理。

五、違章及行政救濟案件之處理。

六、其他有關出口貨物通關事項。