通關業務組掌理事項如下：

一、通關業務政策、法令訂定、修正、解釋之研擬及相關業務之督導。

二、進口、出口、轉口、轉運貨物（櫃）通關業務。

三、快遞貨物通關業務。

四、郵遞物品通關業務。

五、出、入境旅客行李通關業務。

六、通關相關業者管理法規訂修之研議。

七、規費之徵收、代徵及邊境管理代辦事項。

八、關稅配額政策及法令之研擬。

九、優質企業制度之規劃及管理。

十、其他有關通關業務事項。