本局設下列科、室及稽徵所：

一、綜合規劃科，分二股辦事。

二、服務科，分二股辦事。

三、稅務資訊科，分五股辦事。

四、審查一科，分三股辦事。

五、審查二科，分三股辦事。

六、審查三科，分三股辦事。

七、審查四科，分二股辦事。

八、徵收科，分二股辦事。

九、法務一科，分二股辦事。

十、法務二科，分三股辦事。

十一、秘書室，分四股辦事。

十二、人事室，分三股辦事。

十三、政風室，分二股辦事。

十四、主計室，分四股辦事。

十五、監察室，分三股辦事。

十六、民雄稽徵所，分四股辦事。

十七、佳里稽徵所，分四股辦事。

十八、新化稽徵所，分五股辦事。

十九、安南稽徵所，分四股辦事。

二十、東港稽徵所，分三股辦事。

二十一、潮州稽徵所，分四股辦事。

二十二、恆春稽徵所，分二股辦事。