審查三科掌理事項如下：

一、證券交易稅與期貨交易稅稽徵作業之規劃及執行。

二、貨物稅、菸酒稅、特種貨物及勞務稅稽徵作業之規劃、執行及督導。

三、檢舉、違章案件之規劃、查核及督導。

四、虛報薪資案件之規劃、查核及督導。

五、證券交易稅、期貨交易稅、貨物稅、菸酒稅、特種貨物及勞務稅相關 稅務法令疑義之請釋及解答。

六、其他有關檢舉業務、證券交易稅、期貨交易稅、貨物稅及菸酒稅事項 、特種貨物及勞務稅查核行政事項。