綜合規劃科掌理事項如下：

一、本局業務方針、施政計畫及作業手冊之彙編。

二、研究發展工作之規劃、研析、推動及管考。

三、重要業務之協調及聯繫。

四、稽徵業務考核及公文檢核作業。

五、各稅審查案件之複核。

六、其他有關綜合規劃事項。