綜所稅課掌理事項如下：

一、綜合所得稅結算申報收件作業。

二、綜合所得稅案件之審查、核定及稅款之徵退作業。

三、個人災害損失案件之審查。

四、非自住房屋租賃所得之調查、核定。

五、執行業務者、補習班、幼稚園、托兒所之收入調查及所得核定。

六、其他有關綜合所得稅事項。