本署設下列組、室：

一、庫務管理組，分四科辦事。

二、支付管理組，分四科辦事。

三、債務管理組，分三科辦事。

四、財務規劃組，分三科辦事。

五、公股管理組，分四科辦事。

六、菸酒管理組，分四科辦事。

七、秘書室，分三科辦事。

八、人事室。

九、政風室。

十、主計室。

十一、資訊室，分二科辦事。