本部之次級機關及其業務如下：

一、國庫署：規劃、執行國庫及支付業務。

二、賦稅署：規劃、執行全國賦稅業務。

三、各地區國稅局：執行各地區國稅稽徵業務。

四、關務署：規劃、執行全國關務業務。

五、國有財產署：規劃、執行國有財產管理業務。

六、財政資訊中心：規劃、執行本部與所屬機關（構）資訊業務之推展及 管理事項。