本院設下列部、中心、室：

一、內科部，分十科辦事。

二、外科部，分八科辦事。

三、骨科部，分六科辦事。

四、婦女醫學部，分五科辦事。

五、兒童醫學部，分七科辦事。

六、復健醫學部，分三科辦事。

七、放射線部，分八科辦事。

八、核醫部，分三科辦事。

九、精神醫學部，分五科辦事。

十、急診部，分三科辦事。

十一、眼科部，分五科辦事。

十二、耳鼻喉頭頸醫學部，分三科辦事。

十三、腫瘤醫學部，分二科辦事。

十四、皮膚部，分二科辦事。

十五、病理檢驗部，分八科辦事。

十六、家庭醫學部，分三科辦事。

十七、傳統醫學部，分二科辦事。

十八、麻醉部，分五科辦事。

十九、重症醫學部，分二科辦事。

二十、胸腔部，分五科辦事。

二十一、泌尿部，分三科辦事。

二十二、口腔醫學部，分五科辦事。

二十三、藥學部，分三科辦事。

二十四、護理部。

二十五、教學部，分二科二組辦事。

二十六、醫學研究部，分四科辦事。

二十七、營養部，分二科辦事。

二十八、醫務企管部，分五組辦事。

二十九、神經醫學中心，分九科辦事。

三 十、健康管理中心，分三科辦事。

三十一、高齡醫學中心，分二科辦事。

三十二、國家多目標醫用迴旋加速器中心，分一科四組辦事。

三十三、身障重建中心，分一科二組辦事。

三十四、品質管理中心。

三十五、社會工作室，分二組辦事。

三十六、職業安全衛生室。

三十七、公共事務室，分三組辦事。

三十八、工務室，分四組辦事。

三十九、補給室，分三組辦事。

四 十、總務室，分三組辦事。

四十一、人事室，分三組辦事。

四十二、政風室，分三組辦事。

四十三、主計室，分四組辦事。

四十四、資訊室，分四組辦事。